Powiatowy Urząd Pracy w Kłodzku jest kontrolowany przez:
  w   Starostę Powiatu Kłodzkiego,
  w   Komisję Rewizyjną Rady Powiatu Kłodzkiego,
  w   Państwową Inspekcję Pracy,
  w   Archiwum Państwowe we Wrocławiu
  w   Wojewodę Dolnośląskiego,
  w   Dolnośląski Wojewódzki Urząd Pracy w Wałbrzychu,
  w   Inne uprawnione jednostki,

Na terenie jednostki nadzór sprawuje Dyrektor Powiatowego Urzędu Pracy.

Prowadzi się książkę kontroli przeprowadzonych w PUP. Protokoły pokontrolne oraz informacje o wykonaniu zaleceń organów prowadzących kontrolę zewnętrzną przechowuje się w aktach Powiatowego Urzędu Pracy w Kłodzku.

Zarządzeniem nr 6 Dyrektora PUP w Kłodzku z dnia 12.04.2005r. w celu uregulowania systemu kontroli wewnetrznej wprowadzona została instrukcja: "Procedury postępowania kontrolnego PUP w Kłodzku".